Opportunity è programmato per passare automaticamente in diverse "modalità di errore" in presenza di problemi. Gli ingegneri si aspettano che una volta ristabilite le comunicazioni il rover presenterà una di queste tre modalità:

• Guasto per alimentazione insufficiente: gli ingegneri suppongono che il rover sia andato in avaria per alimentazione insufficiente poco dopo aver smesso di comunicare, lo scorso 10 giugno. Questa modalità fa ibernare il rover, ma dovrebbe consentirgli di riattivarsi nel momento in cui ci sarà sufficiente luce solare da permettere la ricarica delle batterie.
• Guasto all'orologio: l'orologio di bordo del rover è fondamentale per il suo funzionamento. Se il rover non sa che ore sono, non sa quando tentare di comunicare. La situazione però non è compromessa, perché il rover è programmato per usare indizi ambientali quali l'aumento della luce solare per calcolare il momento della giornata in cui si trova.
• Guasto Uploss: quando il rover non si mette in contatto per molto tempo con la Terra, il software segnala un errore "uploss", ossia prende in considerazione l'eventualità che si sia verificato un guasto all'apparato di comunicazione. A questo punto avvia un controllo di tutti i componenti interessati e tenta in diversi modi di comunicare con la Terra.