Bisogna fare attenzione durante l'installazione di Spybot 2, non perché ci sia il rischio d'installare crapware (software inutile e dannoso), ma perché ci sono subito delle scelte da fare. La prima opzione tuttavia automatizza quasi tutti i passaggi successivi, e le impostazioni predefinite dovrebbero andare bene in gran parte dei casi.

La seconda opzione richiede invece l'attenzione dell'utente, che deve decidere quali moduli installare, quali attività automatizzare e se Spybot si deve integrare nel menù contestuale di Esplora Risorse e in Internet Explorer.