Spybot è anche in grado di esaminare singoli file e cartelle. Basta trascinarli dentro alla finestra del programma, oppure usare i relativi pulsanti dalla barra degli strumenti. Se si decide d'integrare Spybot in Esplora Risorse e Autoplay, inoltre, con un click destro sarà possibile avviare la scansione degli elementi.