L'iPhone 6s è equipaggiato col nuovo Apple A9, che ha garantito un salto prestazionale notevole, anche grazie al contemporaneo raddoppio della RAM, che è passata da 1 a 2 GB. Più che i semplici numeri dei benchmark, che di per sé significano poco, i colleghi di Tech Crunch, The Verge e Pocket Lint hanno preferito concentrarsi però sull'esperienza d'uso, che ha risentito positivamente del nuovo hardware.

L'upgrade infatti si traduce in una maggior reattività dell'assistente vocale Siri, in un minor refresh per le pagine aperte nel browser Safari e in generale in una maggior fluidità d'uso d'insieme, unita a tempi di avvio minori per le app.