Story Mode
La modalità single player del gioco, che vi porta attraverso i vari luoghi del gioco affrontando boss sempre più forti. Si può giocare a livello Normal, Heroic e SuperHeroic.

Midtown Manhattan
Modalità open ambientata in una mappa cittadina in cui uccidere vari gruppi di nemici e, a intervalli regolari, i boss che appaiono per portare scompiglio nelle strade (singolo o gruppo)

X-Defense
La Kobayashi Maru di Marvel Heroes, una modalità nella quale dovrete difendere la Xavier Mansion da ondate sempre più forti di nemici salvando gli studenti, più riuscirete ad andare avanti più ricco sarà il premio finale (modalità per 5 giocatori)

S.H.I.E.L.D. Holo-Sim
Simile alla X-Defense ma le ondate non si limitano alla mera uccisione degli avversari ma anche alla protezione di innocenti, alla liberazione di ostaggi ed altro ancora (modalità per 2 giocatori)

One-Shots
Missioni basate su storie a sé stanti dalla difficoltà molto elevata, completabili anche da soli ma con personaggi molto ben equipaggiati (singolo o gruppo)

Terminals
Missioni che riprendono i livelli di gioco della storia normale in cui vengono affrontati i boss con vari livelli di difficoltà: Green, Red e Cosmic (singolo o gruppo)

Legendary Quests
Missioni con vari obiettivi da completare in una o più mappe diverse che danno moltissima esperienza e una moneta virtuale nominata Odin Marks, necessaria per acquisire le Armi Leggendarie.

Bovine Sector e Bovinheim
Due livelli in cui affrontare i terribili skrull trasformati in mucche guerriere da Mr. Fantastic. Sbloccabile solo tramite una pergamena, è uno dei contenuti che garantisce l'esperienza e gli oggetti migliori (singolo o gruppo)

Raid
Recentemente è stato aggiunto il primo raid in versione beta. È il contenuto più difficile del gioco, si affronta in 10 giocatori e serve una notevole organizzazione per completarlo.